= parallel (bash)
  * GNU Parallel actúa como un director de orquesta. No solo lanza los procesos, sino que los gestiona para que no colapsen el sistema:
    * Gestión de carga: Si un proceso termina, lanza el siguiente inmediatamente.
    * Orden de salida: Evita que los mensajes de error o logs de diferentes sujetos se mezclen de forma caótica en la terminal.
    * Uso de memoria: Puedes limitarlo para que no sature la RAM (vital en MRI, donde cada imagen cargada consume mucho).

<code bash>sudo apt install parallel</code>

== parámetros ejecución
  * ''-j <núcleos>'': número de núcleos máximos a usar
  * ''%%--%%progress'': muestra progreso
  * ''%%--%%load X%'': máximo nivel de carga de la CPU antes de lanzar otro proceso
  * ''%%--%%memfree XG'': mínimo de memoria libre antes de lanzar otro proceso
  * ''%%--%%dry-run'': simulación de ejecución
  * ''%%--%%eta'': tiempo estimado de finalización basado en los ya ejecutados
  * ''%%--%%joblog'': crea un archivo de registro. Permite continuar el trabajo si se acabó inesperadamente.

== parámetros argumentos
  * ''{}'': comodín
  * ''{.}'': nombre archivo sin extensión
  * ''{/}'': nombre de archivo sin ruta
  * ''{%%//%%}'': la ruta de la carpeta sin archivo
  * ''{/:.}'': nombre del archivo sin la ruta y sin extensión
  * '':::'': lista de parámetros
  * ''{#}'': número de orden del proceso.
== ejemplos
  * compresión ficheros nii por separado:<code bash>
parallel gzip {} ::: *.nii
</code>
  * <code bash>
#!/usr/bin/env bash
time ls *.nii.gz | parallel -j 8 --progress "echo Procesando {}; sleep 3"
</code>
  * <code bash>
#!/usr/bin/env bash

#Fitxer 1 per executar el FreeSurfer per les imatges estructurals T1

# directori d'entrada
export SUBJECTS_INPUT_DIR=/media/analysis/usr/akaruk/ENIGMA/enigma_scz/project_81/execucio_freesurfer/input/

# on aniran els outputs, necessari mantenir nom per recon-all
export SUBJECTS_DIR=/media/analysis/usr/akaruk/ENIGMA/enigma_scz/project_81/freesurfer_output/

# fitxer de subjectes
export SUBJECTS=/media/analysis/usr/akaruk/ENIGMA/enigma_scz/project_53/informacio_participants/participants.txt

time cat $SUBJECTS | parallel -j 4 --progress "recon-all -i ${SUBJECTS_INPUT_DIR}{}.nii.gz -s {} -all"

exit 0
for CODE in $(cat /media/analysis/usr/akaruk/ENIGMA/enigma_scz/project_81/execusio_freesurfer//InputFreeSurfer1.txt);
do
     recon-all -i /media/analysis/usr/akaruk/ENIGMA/enigma_scz/project_81/execusio_freesurfer/input//$CODE.nii.gz -s $CODE -all 
done  
</code>
  * <code bash>
#!/usr/bin/env bash

function retallaPath() {
# 1. Extraemos el nombre del archivo eliminando la ruta
    local nombre="${1##*/}"
    
    # 2. Eliminamos la extensión .zip y devolvemos el resultado
    echo "${nombre%.zip}"
}

function unzipMove() {
    PASSWORD_ZIP="Boo5eigh"

    fitxer=$(retallaPath $1)
    echo "Procesando $fitxer"; 
    unzip -d ./tmp -o -P $PASSWORD_ZIP "$1"
    mv ./tmp/*.xls ./unZIPs/$fitxer.xls

}

export -f unzipMove retallaPath

time ls ./ZIPs/*.zip | parallel -j 4 --progress "unzipMove {}"

exit 0

time for f in ./ZIPs/*.zip; do
    fitxer=$(retallaPath $f)
    echo "Procesando $fitxer"; 
    unzip -d ./tmp -o -P $PASSWORD_ZIP "$f"
    mv ./tmp/*.xls ./unZIPs/$fitxer.xls
done
</code>
  * <code bash>
#!/usr/bin/env bash

execucio_bianca() {

    local sujeto=$1

   echo "Procesando $sujeto"

  #  sleep .1 # treure!!!

 #   exit    # treure!!!

    bianca \
    --singlefile=masterfile.txt \
    --trainingnums=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20 \
    --labelfeaturenum=4 \
    --querysubjectnum=${sujeto} \
    --brainmaskfeaturenum=1 \
    --featuresubset=1,2 \
    --matfeaturenum=3 \
    --trainingpts=2000 \
    --nonlespts=10000 \
    --selectpts=noborder \
    -o resultados/s_${sujeto}_bianca_output \
    -v 
    > logs/sub_${sujeto}.log 2>&1
}

mkdir -p resultados
mkdir -p logs

export -f execucio_bianca

time parallel -j 16 --progress execucio_bianca {} ::: {21..315}

# INICIO=21
# FIN=315
# time seq $INICIO $FIN | parallel -j 4 --progress "echo Procesando {}; sleep .5
</code>